關(guān)于mega4.0建系統(tǒng)進(jìn)化樹的若干問題

近日學(xué)習(xí)用mega4.0建系統(tǒng)進(jìn)化樹，大概會操作了，但仍然有很多疑問。壇子里關(guān)于mega的帖子看了遍，迷茫發(fā)問的朋友多，解答的大牛人也有，我的問題和很多求助網(wǎng)友相似，現(xiàn)系統(tǒng)提出，渴望知道的大俠盡早看到此貼，指點(diǎn)下迷津，不甚感激！

一，附件中的小樹是用mega4.0，Bootsrap Value設(shè)置1000次建成。具體步驟如下：
a、打開mega軟件—Alignment 下拉—Alignment exposure/clustal—create a new alignment --然后根據(jù)實際情況(DNA or 蛋白序列)選擇Yes
b、Edit—Insert sequence from file（.fastal的格式）；
c、Algin by clustal W---Data—Export Alignment—Mega fomat；
d、打開上一步保存的文件—Distance—compute pairwise—compute；
e、Phylogeny—Bootstrap Test of phylogeny—Neighbor-Joining—將Boostrap（500 replicates；seed=64238修改為1000 replicates）--compute---獲得進(jìn)化樹—設(shè)好格式---image –save as TIF file

問題來了，在壇子里看見各位大俠給出的步驟，要用Clustal X軟件進(jìn)行序列比對之后才能建樹，請問，mega4.0中是不是嵌合了clustal么，為什么有大俠說還要下載一個clustal軟件呢？上面的建樹步驟C是不是算經(jīng)過了clustal呢？

二，附件中小樹節(jié)點(diǎn)處數(shù)值的含義，請各位解釋下為什么HX4和AB546196.1（bootstrap值100）與HX6和AJ308316.1（bootstrap值77）兩類群聚一起后又97呢?是否意味著HX4和AB546196.1親緣關(guān)系很近，甚至是同一個東西，HX6和AJ308316.1關(guān)系較近，這兩類群又聚一起，而且bootstrap值97，大于77，很費(fèi)解呀很費(fèi)解。

三，樹下的標(biāo)尺有什么用？去算枝長嗎？枝長又代表什么，進(jìn)化距離嗎？如果枝長是進(jìn)化距離，那bootstrap值又代表什么？
四，在壇子里逛的時候，看到有大俠說“遺傳標(biāo)度法和步長值法是用來表示兩種不同的結(jié)果時用的 步長值常用在鑒定菌種的進(jìn)化樹中 而遺傳距離法常用在表示不同菌株間進(jìn)化關(guān)系的進(jìn)化樹中 ”。什么是遺傳標(biāo)度法，什么是步長值法？本人建樹目的是想得到菌株間的進(jìn)化關(guān)系

五，看文獻(xiàn)過程中，發(fā)現(xiàn)有部分文獻(xiàn)的進(jìn)化樹要么只有標(biāo)尺，要么只有bootstrap值，而且也沒有對數(shù)值，標(biāo)尺的含義做出解釋，究竟什么樣的樹才算規(guī)范？
昨晚碼了一個求助貼，滿懷希望發(fā)的時候，系統(tǒng)維護(hù)，傷啊傷！今天抖擻一下，再次情緒飽滿的發(fā)一個，敬候各位的佳音哈！