掃描探針顯微鏡以其辨別率極高（原子級分辯率）、實時、實空間、原位成像，對樣品無特別請求（不受其導電性、干燥度、外形、硬度、純度等限制）、可在大氣、常溫環(huán)境甚至是溶液中成像、同時具備納米把持及加工功效、體系及配套相對簡略、便宜等長處，普遍利用于納米科技、資料科學、物理、化學和性命科學等范疇，并取得很多主要結(jié)果。
SPM作為新型的顯微工具與以往的各種顯微鏡和剖析儀器相比有著其顯明的上風：
首先，SPM具有極高的辨別率。它可以輕易的“看到”原子，這是一般顯微鏡甚至電子顯微鏡所難以到達的。
其次，SPM得到的是實時的、真實的樣品表面的高辨別率圖像。而不同于某些剖析儀器是通過間接的或盤算的方式來推算樣品的表面構造。也就是說，SPM是真正看到了原子。
再次，SPM的應用環(huán)境寬松。電子顯微鏡等儀器對工作環(huán)境請求比擬刻薄，樣品必需安置在高真空條件下才干進行測試。而SPM既可以在真空中工作，又可以在大氣中、低溫、常溫、高溫，甚至在溶液中應用。因此SPM實用于各種工作環(huán)境下的科學試驗。
SPM的運用范疇是寬廣的。無論是物理、化學、生物、醫(yī)學等基本學科，還是資料、微電子等利用學科都有它的用武之地。
SPM的價錢相對于電子顯微鏡等大型儀器來講是較低的。
任何事物都不是十全十美的一樣，SPM也有令人遺憾的處所。由于其工作原理是把持具有必定質(zhì)量的探針進行掃描成像，因此掃描速度受到限制，測效力較其他顯微技巧低；由于壓電效應在保證定位精度條件下活動規(guī)模很小（目前難以突破100μm量級），而機械調(diào)節(jié)精度又無法與之連接，故不能做到象電子顯微鏡的大范疇持續(xù)變焦，定位和尋找特點構造比擬艱苦；
目前掃描探針顯微鏡中Zui為普遍應用管狀壓電掃描器的垂直方向伸縮范疇比平面掃描規(guī)模一般要小一個數(shù)目級，掃描時掃描器隨樣品表面起伏而伸縮，假如被測樣品表面的起伏超越了掃描器的伸縮范疇，則會導致體系無法正常甚至破壞探針。因此，掃描探針顯微鏡對樣品表面的粗糙度有較高的請求；
由于體系是通過檢測探針對樣品進行掃描時的活動軌跡來推知其表面形貌，因此，探針的幾何寬度、曲率半徑及各向異性都會引起成像的失真（采取探針重建可以部分戰(zhàn)勝)
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